Este fundo foi criado em 1967 para compensar os agentes financeiros (bancos) que faziam financiamentos habitacionais dentro das condições do Sistema Financeiro da Habitação (SFH). Pelas regras do SFH, a dívida dos mutuários era gravada com os juros pagos pelas cadernetas de poupança, mas as prestações eram corrigidas pelas variações salariais (dos mutuários). Como os dois índices não se desenvolviam na mesma proporção, a diferença era coberta pelo FCVS, no final dos contratos. Ou melhor, no final dos contratos, havia um resíduo, pois as prestações (corrigidas pelos reajustes salariais) não cobriam a totalidade da dívida (reajustada pela remuneração da poupança). Essa diferença se ampliou durante os anos 80 com a elevação da inflação e das taxas de juros, pois os salários foram reajustados em níveis bem inferiores. O FCVS tornou-se crescentemente deficitário. Entre 1985 e 1990, durante o governo Sarney (mais especificamente durante o Plano Cruzado, em 1986), o governo aplicou um redutor sobre as prestações dos mutuários, elevando consideravelmente a diferença entre as prestações e o saldo devedor, fazendo crescer o rombo no FCVS. A partir de 1988, os novos financiamentos deixaram de ser cobertos pelo FCVS.